Dank der Möglichkeiten, welche der einzigartige Pointer und das bewegungssensitive Kontroll-System von Wii bieten, hat Konami eine exakt auf die Nintendo-Konsole zugeschnittene Version des Spiels entwickelt. Kernstück der PES 2008 Version für Wii ist ein stark Team-orientiertes Kontroll-System. Im echten Fußball sind die Nutzung des ganzen Spielfeldes und das Freilaufen der Mitspieler oftmals ein entscheidender Faktor. Kombiniert mit präzisen Pässen und dem geschickten Nutzen von Freiräumen führt dies häufig zum Torerfolg. PES 2008 konzentriert sich auf genau diese Elemente: Der Einsatz von Wii Remote und Nunchuk Controller erlaubt die Kontrolle sowohl über den Ballführenden Spieler als auch über alle Teamkollegen. Der Spieler nutzt den Wii Controller, um den jeweils im Ballbesitz befindlichen Kicker mit Hilfe eines Point-and-Drag Systems zu lenken, und hat gleichzeitig mit geschickten Handbewegungen Zugriff auf alle anderen Finten und Finessen. Zwischenzeitlich wird die Wii Remote genutzt, um einen in der Nähe befindlichen Spieler für den nächsten Pass anzuwählen oder diesen in die Richtung laufen zu lassen, in welche das Zuspiel erfolgen soll. Die Remote kann ebenfalls dazu genutzt werden, um die Laufrichtung des anzuspielenden Teamkollegen zu steuern – was eine gehörige Portion Extra-Kontrolle verspricht, etwa wenn sich die Kicker durch die Reihen der Verteidiger schlängeln, um in den offenen Raum zu gelangen. Dieses System gibt den Spielern die totale Kontrolle über ihr Team und erlaubt es ihnen, vollkommen individuelle Angriffe auszuführen. Ein Schütteln des Wii Nunchuk wird beispielsweise dazu genutzt, um seitlich in den Gegner hinein zu grätschen, mit anderen Handbewegungen schnappt die Abseitsfalle zu oder der Torwart wird veranlasst, aus dem Kasten zu laufen. Auch auf die strategischen Elemente des Spiels lässt sich einfach zugreifen: Mit Hilfe des Steuerkreuzes der Wii Remote werden taktische Spielzüge ausgelöst, Gegenangriffe gestartet oder Spieler zurück auf ihre Position geschickt.